El proyecto CertiUni fue concebido con la finalidad de promover la cultura de la certificación personal de los alumnos, ofreciendo a sus universidades sistemas de acreditación en algunas de las competencias más demandadas en el nuevo Espacio Europeo de Educación Superior.

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El valor estratégico que para las universidades españolas y centros de formación representa la evaluación y acreditación de competencias de sus estudiantes ha motivado la necesidad de utilizar un sistema común en la evaluación de algunas competencias, gracias a la aportación de entidades expertas en cada uno de los campos evaluados. A su vez la Universidad cree en el binomio Universidad- Sociedad y pone a disposición del sector empresarial dicha herramienta para que se beneficie de ella y se creen sinergias de colaboración.

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El 20 de Enero de 2010, se aprobó la creación de la plataforma de Certificaciones Universitarias presentada por D. Francisco José Martínez López, entonces Excmo. Rector Magnífico de la Universidad de Huelva y actual Presidente de la Fundación CertiUni.

Durante estos años, la Plataforma CertiUni ha ido dando servicio a universidades e instituciones públicas y privadas en toda España hasta que, en Abril de 2014, se constituye como "Fundación CertiUni" contando con el Banco de Santander, CEOE Formación y CEPYME como Patronos de la Fundación.

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En la actualidad el sistema de certificación CertiUni atiende a la demanda no sólo de las universidades españolas, sino en instituciones públicas y privadas, empresas de todo el ámbito nacional y centros de enseñanza primaria y secundaria y se encuentra en pleno proceso de expansión internacional, contando con sedes en Asia y Latinoamérica.